Anggota misi pencari fakta PBB telah mulai berdatangan di Indonesia untuk mengamati usaha Jakarta dalam menghukum mereka yang bertanggungjawab atas aksi kekerasan seputar pemilu kemerdekaan Timor Timur pada tahun 1999. Jakarta pada awalnya menentang misi PBB itu, dan telah menolak untuk memberikan visa bagai para anggota komisi itu untuk memasuki Indonesia. Indonesia telah mengadili 18 personil militer, polisi dan penduduk sipil atas keterlibatan mereka dalam tindak kekerasan itu.
Semua --kecuali satu -- telah dinyatakan tidak bersalah atau dibatalkan hukumannya. Kelompok-kelompok aktivis HAM mencela proses pengadilan tersebut dan menyerukan diselenggarakannya pengadilan internasional. Indonesia mengatakan komisi kebenaran dan persahabatan telah dibentuk antara Indonesia dan Timor Timur sehingga misi PBB itu tidak diperlukan. Lebih dari seribu orang tewas ketika sejumlah milisi melakukan serangan setelah Timor Timur memilih untuk merdeka dari pemerintah Indonesia.