Pesantren Waria Al-Fatah berdiri sejak 2008, dibangun oleh inisiatif komunitas waria di Yogyakarta untuk tenang beribadah dan mendalami agama Islam.

Berjalan lebih dari satu dekade, pesantren ini miliki 63 anggota yang manfaatkan pondok ini tidak hanya untuk mendalami agama, namun juga berkomunitas, saling menolong di tengah arus deras diskriminasi terhadap kaum minoritas transpuan.