Analis keamanan, Ken Conboy, dari Risk Management Advisory, mengatakan pihak berwenang telah lama mengetahui mengenai keterlibatan Abu Bakar Ba'asyir dengan kelompok tersebut. Polri menciduk menangkap Ba'asyir Senin pagi di Ciamis, Jawa Barat, dengan tuduhan Ba'asyir terkait sebuah jaringan baru militan. Ia akan dibawa ke Jakarta untuk diinterogasi.
Juru bicara Polri Edward Aritonang mengatakan Ba'asyir terlibat dalam pelatihan, pemilihan pemimpin, perencanaan serangan teroris dan penggalangan dana untuk Al-Qaida di Aceh.
Al-Qaida di Aceh adalah kelompok yang relatif baru yang terdiri dari para anggota kelompok terkait Jemaah Islamiyah, yang bertanggung jawab atas pemboman di Bali tahun 2002 yang menewaskan 202 orang.
Ba'asyir diduga memimpin kelompok Islamis keras Jemaah Ansharut Tauhid. Ia juga pendiri pesantren Al-Mukmin di Solo yang melahirkan beberapa lulusan, yang kemudian melakukan serangkaian serangan teroris di Indonesia.
Ba'asyir sudah pernah ditahan dua kali dan divonis bersalah atas keterlibatannya dalam pemboman Bali 2002, namun kemudian Mahkamah Agung membatalkan vonis tersebut pada tahun 2006.