Kerjasama bilateral antara Indonesia dan Australia dalam beberapa tahun terakhir berjalan sangat baik, terutama dalam penanganan terorisme. Australia sangat menghargai upaya Indonesia dalam meningkatkan keamanan nasional, maupun di kawasan Asia Tenggara dan Asia Pasifik.
Demikian menurut Wakil Panglima Angkatan Bersenjata Australia, Letnan Jenderal David Hurley, yang menambahkan bahwa kerjasama yang sudah baik ini jauh lebih penting dipertahankan, dan tidak akan terganggu oleh isu WikiLeaks, yang dilaporkan oleh dua harian terkemuka Australia, The Age Australia dan The Sydney Morning Herald. Ia menyampaikan hal ini dalam forum Jakarta International Defense Dialogue, di Jakarta, Rabu siang.
"Media massa Australia memiliki kebebasan dalam menyiarkan pendapat dan komentar-komentar," ujar David Hurley. "Tetapi, hubungan Indonesia dan Australia pada level pemerintahan dan militer, juga dalam berbagai institusi lainnya yang mengikat kedua negara, memiliki ikatan yang sangat baik. Sejujurnya, pandangan kami ke depan jauh lebih penting dibandingkan dengan WikiLeaks."
Istana telah membantah keras semua pemberitaan yang dilaporkan oleh The Age dan The Sydney Morning Herald, edisi Jumat 11 Maret 2011. Isinya, menuding Presiden Susilo Bambang Yudhoyono dan para pejabat tinggi lain terlibat praktek korupsi dan penyalahgunaan kekuasaan. Kedua media Australia ini mengklaim informasi rahasia yang mereka laporkan merupakan bocoran kawat diplomatik Amerika Serikat dari WikiLeaks.
Pihak Istana menyesalkan pemberitaan dua media tersebut yang memojokkan Ibu Negara Ani Yudhoyono.
Menteri Luar Negeri Marty Natalegawa telah memrotes keras laporan dari kedua media Australia tersebut, dengan menyebutnya sebagai tudingan tanpa bukti. Kementerian Luar Negeri segera mengirimkan nota protes kepada Kedutaan Besar Duta Besar Amerika Serikat, sekaligus meminta Duta Besar Scot Marciel melakukan klarifikasi.
“Kami sampaikan pandangan dan sikap pemerintah Indonesia, bahwa informasi dan kutipan dalam media termaksud sama sekali tidak berdasar, tidak faktual sedikitpun dan bahkan tidak masuk akal. Kami sudah meminta kehadiran Bapak Duta Besar dan Kedutaan AS di Jakarta untuk meminta klarifikasi,” kata Menteri Marty Natalegawa.
Menteri Luar Negeri Hillary Clinton segera memberikan tanggapan, dengan menyatakan penyesalan mendalam atas pengungkapan semua informasi yang sifatnya rahasia, termasuk pembicaraan pribadi antarmitra bicara atau penilaian atau pengamat pribadi para diplomat.
Dalam keterangan pers yang dikirimkan melalui email, pihak Kedutaan Besar Amerika di Indonesia mengatakan, pengungkapan informasi tersebut sangat tidak bertanggungjawab.