Aparat penegak hukum mengatakan Issa Timamy ditahan hari Rabu (25/6) atas tuduhan pembunuhan dan aksi teror.
Pejabat Kementerian Dalam Negeri Kenya mengatakan 13 orang lainnya telah ditangkap karena dicurigai memiliki hubungan dengan kelompok separatis Mombasa Republican Council (MRC).
Awal bulan ini, para penyerang diduga menarget warga non-Muslim dengan mengepung kota Mpeketoni.
Kelompok militan Islamis Al-Shabab mengaku bertanggung jawab, tetapi Presiden Kenya Uhuru Kenyatta mengatakan serangan itu dilakukan oleh jaringan politik yang tidak disebutkan namanya, dan bukan teroris.
Gubernur Timamy adalah anggota partai oposisi United Democratic Forum. Pendukung Timamy mengatakan penangkapan itu bermotif politik.