Setelah antrian panjang pada hari pemilihan pertama dan kedua, para pemilih yang menunggu sampai hari Sabtu, hari terakhir pemilihan, untuk memberikan suara mendapatkan mereka tidak lagi harus antri. Para pemilih yang datang ke TPS-TPS hari Sabtu berpapasan dengan lebih banyak polisi dan petugas pemilihan yang nampak jenuh daripada dengan pemilih lainnya.
Menurut Loro Amos, ketua sebuah pusat TPS di Juba tengah, sekitar 95 persen dari mereka yang terdaftar di TPS itu sudah memberikan suara. Ia mengatakan, "Pada hari ketiga antrian tidak begitu panjang. Sore hari ini, kami akan memulai proses penghitungan dan kemudian kami akan mengeluarkan hasil penghitungan besok.”
Referendum kemerdekaan Sudan selatan merupakan inti perjanjian perdamaian tahun 2005 yang mengakhiri perang saudara selama 21 tahun antara utara dan selatan. Banyak pihak meragukan apakah referendum itu dapat dilakukan, karena persiapan-persiapan referendum seharusnya dilakukan dalam tiga tahun. Namun, persiapan itu hanya dilakukan sekitar empat bulan.
Mohamed Ibrahim Khalil, komisaris komisi referendum, mengatakan, "Ketika kami memulai proses persiapan referendum kami agak khawatir karena sulit dan rumitnya tugas itu.”
Jimmy Carter, sebagai pemantau internasional, memuji pelaksanaan referendum kemerdekaan di Sudan selatan.
Proses pemilihan itu banyak dipuji. Para anggota partai yang berkuasa di utara nampaknya siap menerima hasil pemilihan. Carter Center, Uni Afrika dan Uni Eropa memuji pelaksanaan referendum itu, meskipun ada beberapa insiden kecil.
Menurut Khalil, sampai penutupan referendum hari Jumat, 83 persen warga yang terdaftar telah memberikan suara di selatan. Jumlahnya lebih rendah di utara, dengan hanya 53 persen warga yang terdaftar pergi ke TPS-TPS. Tetapi, karena hanya 116.000 orang mendaftar di utara, tingkat kehadiran rendah di sana tidak akan mempengaruhi hasil pemilu, yang mensyaratkan 60 persen kehadiran sebagai sah. Khalil mengatakan, "Saya telah mengamati sejumlah pemilihan di negara ini dan pemilihan ini adalah yang paling tenang, teratur, dan damai.”
Tetapi, walaupun referendum nampaknya sah dan berlangsung baik, suasana meriah yang menandai hari pertama pemilihan tidak terasa di Juba. PBB mengatakan rakyat di Sudan selatan harus menunggu sampai sedikitnya tanggal 2 Februari untuk mendengar pengumuman hasil penghitungan suara awal dan kemudian seminggu atau dua minggu lagi sebelum hasil penghitungan akhir.
Menurut menteri penerangan Sudan selatan, Bernaba Marial Benjamin, apabila hasil referendum mendukung pemisahan, pemerintahan-pemerintahan di utara dan selatan akan kembali ke meja perundingan setelah hasil penghitungan suara diumumkan. Ada sejumlah isu yang masih harus diselesaikan, seperti bagaimana membagi kekayaan minyak negeri itu, bagaimana membagi hutang sebesar 38 milyar dolar, dan yang paling sulit, masa depan wilayah perbatasan Abyei yang dipersengketakan